Собрание музея разделено на 9 тематических палуб:
- Палуба 9 — Модели: Большой мир маленьких судов
- Палуба 8 — Коллекция произведений искусства: Морская живопись и сокровищница
- Палуба 7 — Морская экспедиция: Последняя тайна Земли
- Палуба 6 — Современное мореплавание: Торговое и пассажирское судоходство
- Палуба 5 — Война и мир: Флоты мира с 1815 года
- Палуба 4 — Служба на борту: В цейхгаузе истории
- Палуба 3 — История судостроения: От ремесла к науке
- Палуба 2 — С ветром вокруг света: Суда под парусами
- Палуба 1 — Открытие мира: Навигация и связь
Первая палуба расположена на первом этаже и посвящена навигации и связи. Здесь представлены навигационные приборы, средства связи, глобусы и морские карты, модели маяков, а также различные опознавательные знаки. Один из интерактивных экспонатов — симулятор корабля, на котором может почувствовать себя моряком каждый желающий.
Вторая палуба имеет название: «С ветром вокруг света: Суда под парусами». Здесь весьма наглядно представлена история парусного дела. Также можно увидеть постановки из жизни моряков, модель черепа легендарного пирата по имени Клаус Штёртебекер. Эта палуба будет очень интересна детям — здесь для них проводятся занятия.
Палуба Четвертого этажа имеет название «Служба на борту: В цейхгаузе истории». В этой экспозиции в основном представлены униформа, оружие, медали и награды. Можно познакомиться с ритуалами и праздниками, проводимыми на борту, понять о чем говорит та или иная униформа, а также освещена тема медицинской помощи на море.
Пятая палуба — Война и мир: Флоты мира с 1815 г. Этаж посвящен кораблям, участвовавшим в военных действиях. В одной из секций представлен российский флот царских времен. Также здесь можно найти информацию о Ютландском сражении — крупнейшем морском сражение Первой мировой войны, о вспомогательных крейсерах и кораблях, подводной войне и военно-морской авиации.
Весьма загадочное название имеет Седьмая палуба: «Морская экспедиция: Последняя тайна Земли». Океаны, подводные глубины всегда манили своей таинственностью. Здесь вы сможете приоткрыть для себя некоторые тайны, узнать как выглядит рельеф морского дна, а также познакомиться с работой океанографов и рассмотреть современные приборы, которыми они пользуются — на выставке для этого отведено специальное место.
Тема моря откликается в сердцах многих людей, в том числе и творческих. На Восьмой палубе собрана коллекция из более чем 200 картин маринистов различных стран — Нидерландов, Франции, России, Великобритании, Скандинавии, Германии. А изюминкой данного этажа является — «сокровищница», где можно увидеть модели кораблей из драгоценных материалов, таких как золото, серебро, янтарь, а также уникальные костяные судна.
Верхний этаж используется как место для проведения мероприятий. Но на этом выставка не заканчивается — перед музеем и рядом с ним выставлены два больших якоря, маяк, гребной винт, и два орудия корабля HMS Foudroyant. На цокольном этаже располагаются ресепшен, ресторан и магазин музея, а также специализированный на морской тематике книжный магазин Wede. На первом этаже есть детская площадка, хотя она вряд ли сможет конкурировать с возможностью совершить путешествие во чрево кита и послушать звуки океана.